Les maladies de l'âme peuvent être accompagnées de troubles psychologiques et même de désordres psychiques mais ne s'identifient pas avec eux. Pour les problèmes psychologiques notables et les maladies mentales, le recours au psychologue et au psychiatre reste nécessaire. Les maladies de l'âme que se propose de soigner la Clinique de santé de l'âme "Lumen Christi" sont d'ordre moral. Ces maladies sont des conséquences dans l'intelligence, la volonté et les facultés sensibles de désordres conscients ou inconscients dans la vie morale.
Ainsi l'habitude de mentir et l'hypocrisie habituelle sont des maladies de l'âme qui se rattachent à une déviation intellectuelle. Une intelligence malade perd son aptitute naturelle à discerner le vrai du faux, le bien du mal. Elle peut en arriver à tout confondre et à se plonger dans de déplorables illlusions. La volonté peut être aussi malade, en raison de toutes sortes de dépendances qui la soumettent à des objets déterminés et lui font perdre la maîtrise de ses décisions, c'est-à-dire sa liberté : la volonté est alors constamment vaincue par l'objet de sa dépendance. L'angoisse, la peur, l'agressivité, non en tant que sentiments passagers justifiés par des causes objectives, mais ressenties comme des peines profondes et habituelles de l'âme, sont des maladies spirituelles qui peuvent être traitées. La propension à la tristesse, à l'inquiétude, au découragement, à la jalousie, à la culpabilité excessive, au scrupule, à l'indécision manifestent aussi que l'âme est malade. Devient aussi inévitablement malade l'âme qui rejette toute norme morale dans la soif qu'elle éprouve des plaisirs des sens, qu'ils soient d'origine gastronomique ou érotique.
Le domaine des maladies de l'âme est très vaste, parce qu'il recouvre en fait tout l'ordre moral. Les désordres moraux habituels engendrent de véritables maladies spirituelles qui compromettent l'équilibre intérieur si délicat et entraînent souvent des maladies physiques. Il n'y a pas de doute que les maladies de l'âme exacerbées exercent une telle violence sur l'organisme humain qu'elles peuvent être mortelles. Il importe donc de les soigner.